Kota pekalongan berbatasan dengan Laut Jawa di utara, Kabupaten Batang di timur, serta Kabupaten Pekalongan di sebelah selatan dan barat, dan terletak di lintas utara. Pekalongan berjarak 417 km sebelah barat dari Kota Surabaya, atau 384 km sebelah timur dari Jakarta . Luasannya sekitar 45,25km. Isu yang banyak dipublikasikan bahwa kota Pekalongan terdampak perubahan iklim. Ini dibuktikan dengan banjir rob air laut yang mulai menggenangi permukiman warga. Salah satu penyebabnya yaitu penurunan tanah yang diperkirakan setiap tahun turun 5 hingga 10 cm, sesuai dengan hasil pemantauan enam alat ukur dari Badan Informasi Geospasial (BIG) yang dipasang sejak tahun 2021.
